由于生物制药废水的特点，大多数制药废水经生化处理后无法达标排放，因此必须进行预处理。通常，为了调节水质、水量水质、水量和酸碱度，并根据实际情况采用一些物化或化学方法作为预处理工艺，以降低水中的硫、盐和化学需氧量，减少废水中的生物抑制剂，增加废水的可降解性，方便后续废水的生化处理，下面是生物制药废水的处理方法。

　　1、生物处理技术

　　生物处理技术是在普通有机废水处理系统中，利用微生物(主要是细菌)的代谢作用，对废水中的可溶性有机物和部分不溶性有机物进行氧化、分解和吸附，使其转化为对水质无害、稳定的物质，达到净化水质的目的。现代生物处理工艺中广泛采用的工艺有好氧生物氧化、兼性生物降解和厌氧消化降解。由于其经济可行、无二次污染等优点，生物处理技术越来越受到重视。

　　2、化学处理技术

　　利用化学原理和化学作用，将污水中的污染物成分转化为无害物质净化污水，其单元操作过程包括中和、沉淀、氧化还原、催化氧化、焚烧等。

　　3、物理化学处理技术

　　物理工艺是指通过相对转移的变化去除废水中污染物的工艺。常见的单元操作有萃取、吸附、膜过程、离子交换等。

　　4、物理处理技术

　　物理化学法是利用物理作用分离废水中的溶解物和乳浊物，使其成分发生变化的处理方法，基于栅格(筛)、沉淀(沉砂)、过滤、微过滤、气浮、离心(旋流)分离等单元的操作方式，成为现在比较成熟的污水处理技术。